Pre puno godina, kada je zli samuraj konačno proteran, u carstvo se vratio mir. Prošlo je više od 300 god. i seljaci više nisu živeli u strahu, i tajna Kudži magije ostala je zarobljena u oltarima duboko u šumama Japana. Ali jednog dana se sve promenilo. Zli samuraj vratio se sa idejom da osvoji ceo svet. Zarobio je sve šumske životinje i od njih je uz pomoć Kudži magije počeo da stvara vojsku podanika koja će mu pomoći u zloj nameri.
U igrici Mini Ninjas odmah ste bačeni u vatru i nalazite se u ulozi Hira, nindže koga učitelj šalje da ispita celu situaciju oko nestalih životinja. Vaš najbolji drug Futo i vi ste jedine preostale nindže, usput morate naći i osloboditi svoje saborce.

Igrica za kompjuter.