U igri će se heroji sa obe strane ujediniti u borbi protiv pretnje pod nazivom Ultron Sigma, koji je negativac kreiran od najokrutnijih mehanoida iz Marvel i Capcom univerzuma.
Među likovima, koji će se boriti da spasu kombinovane Marvel i Capcom svetove, nalaze se i Hulk, Thor i Hawkeye, Rocket Raccoon, Chun-Li, Strider Hiryu i Chris Redfield. Ultgron će takođe biti igriv po prvi put.
